Disciplina detalhes

Conhecimentos de Base Recomendados

Não Aplicável

Objetivos

Esta UC tem como principais objetivos fornecer aos estudantes uma visão integrada da estrutura organizacional e do funcionamento dos genes e genomas, tendo em conta os avanços tecnológicos nos métodos de sequenciação, anotação e análise do funcionamento dos mesmos. Os estudantes devem ainda adquirir conhecimentos acerca das ferramentas e metodologias bioinformáticas para buscas e análises de sequências e suas potencialidades para prever a função, bem como análise de dados de expressão genética ao nível do ARN e proteínas.
Não Aplicável

Métodos de Ensino

A UC é lecionada recorrendo a métodos expositivos e demonstrativos com suporte informático de PowerPoint. A UC é composta por uma componente teórico-prática, em que os estudantes discutirão temas da atualidade no campo da genómica estrutural, evolutiva e funcional e das novas tecnologias ómicas. A componente prática laboratorial tem por objetivo familiarizar os estudantes com as ferramentas e bases de dados disponíveis, e aplicar os conteúdos teóricos na análise bioinformática aplicada a diversos casos estudo.

Avaliação Contínua:

50%xTeste +40%x  Trabalho escrito + 10% Participação em aula

Avaliação 1ª/2ª época e época especial:
100%xExame (nota minima no exame de 9,5 valores) OU 60%xExame +40%x  Trabalho escrito 

Estágio(s)

Não

Programa

1-Estrutura organizacional de genomas; Sequenciação de genomas; Anotação e análise de genomas; Metagenómica.
2-Mecanismos de evolução dos genomas e filogenia molecular; Genómica comparativa; Definição de Genes ortólogos e parálogos.
3-Análise da expressão genética à escala do genoma: transcritómica e proteómica de expressão.
4-Genómica funcional. Metabolómica, RNómica, metagenómica e outras ómicas.
5-Introdução à Bioinformática. Alinhamento de sequências: simples e múltiplos; Pesquisa de motivos: representação de motivos e sistemas de pesquisa disponíveis na web; Análise de dados de microarrays.
6-Aplicações em Biotecnologia.

Prática laboratorial:
Utilização de ferramentas bioinformáticas para realizar alinhamentos de sequências e pesquisas em bases de dados (BLAST e Clustal), análises filogenéticas e cladogramas, pesquisa de motivos e previsão funcional de genes, efetuar a previsão de estrutura de proteínas, interpretação do significado biológico de dados à escala do genoma.

Demonstração de conteúdos

-

Demonstração da metodologia

-

Docente(s) responsável(eis)

-

Métodos de Avaliação

Bibliografia

C.W. Sensen; Handbook of Genome Research, vol Handbook of Genome Research, vol. I e vol. II , 2005. ISBN:  ISBN 3-527-31348-6
T. A. Brown. Gee; Cloning and DNA Analysis, An Introduction, Blackwell Publishing, 2006
Terry Brown; Genomes, Bios Scientific Publishers Oxford, 2006. ISBN: ISBN 9780815341383
Robert F. Weaver; Molecular Biology, McGraw Hill, 2005. ISBN: ISBN: 007-124344-5
A.D. Baxevanis,\t B.F.F. Ouellette; Bioinformatics:\t A\t Practical\t Guide\t to\t the\t Analysis\t of\t Genes\t and\t Proteins, Wiley Interscience, 2005. ISBN: ISBN\t978-0-471-38391-8
M.\t Borodovsky,\t S. Ekisheva; Problems\t and\t Solutions\t in\t Biological\t Sequence\t Analysis, Cambridge\t University\tPress, 2007. ISBN: ISBN\t978-0-521-61230-2
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Durbin,\tR.,\tEddy,\tS.R.,\tKrogh,\tA.,\tMitchison,\tG; Biological\tSequence\tAnalysis:\tProbabilistic\tModels\tof\t Proteins\tand\tNucleic\tAcids, Cambridge\tUniversity\tPress, 2004. ISBN: ISBN\t978-0-521-62971-3