Disciplina detalhes

Conhecimentos de Base Recomendados

Não aplicável

Objetivos

A UC “Programação Aplicada à Bioinformática” tem como objetivo a compreensão da noção de algoritmia como a formalização da solução para um problema bem determinado numa sequência de ações elementares. No final, o estudante deverá ser capaz de: analisar um algoritmo fornecido e prever o resultado final da sua execução; desenhar algoritmos em linguagem natural e pseudo-código. Compreender e conhecer: a programação de computadores como um modo de descrever algoritmos numa linguagem formal passível de ser executada num computador de uso geral; princípios elementares da programação: variáveis; instruções de decisão; instruções de ciclo; listas e arrays; o ciclo tradicional de desenvolvimento de programas de computador: desenho, programação e teste. Aplicar os conhecimentos desses princípios básicos a uma linguagem de programação apropriada. Ser capaz de traduzir um algoritmo dado num programa completo. Ser capaz de resolver um problema dado efetuando o seu desenho, programação e teste.
No final da UC os alunos deve ser capazes de ler, compreender e escrever código na linguagem "Python", assim como ser capazes de conceber e implementar tarefas simples de programação com aplicação na bioinformática.

Métodos de Ensino

1. 1,5 h teóricas semanais para expor os conceitos e demonstrar a sua aplicação com exemplos, de modo a
familiarizar os estudantes com a programação em bioinformática.
2. 2 h práticas semanais organizadas para que os estudantes desenvolvam por conta própria o código apropriado
de modo a obter um número de scripts funcionais por aula.

Estágio(s)

Não

Programa

O computador de uso geral e os seus componentes;
Características das diferentes linguagens de programação – perspetiva histórica.
Introdução aos paradigmas das linguagens de programação
Elementos de linguagens de programação: Variáveis de tipos elementares. Expressões e atribuição de valores.
Fluxo de execução de instruções. Instruções de decisão. Instruções de ciclo.
Uso de funções
Uso de bibliotecas externas
Entrada e saída de dados
Introdução ao desenvolvimento de software: Desenho aplicacional. Técnicas de programação. Teste de programas

Demonstração de conteúdos

-

Demonstração da metodologia

-

Docente(s) responsável(eis)

-

Métodos de Avaliação

Bibliografia

Model, M.L.; Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, O'Reilly Media, 2010. ISBN: 978-0-596-15450-9
Jones, N.C., Pevzner, P.A.; An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology), The MIT Press, 2004. ISBN: 978-0-262-10106-6
Lubanovic, B; Introducing Python: Modern computing in simple packages (First edition), O’Reilly Media, 2014. ISBN: 978-1449359362
Downey, A. ; Think Python (2nd edition, updated for Python 3), O’Reilly Media, 2016. ISBN: 978-1491939369